Als Gastdirigent dirigiert Matthias Beckert u.a. die Hofer Symphoniker, die Jenaer Philharmonie, die Nürnberger Symphoniker, die Thüringen Philharmonie Gotha, die Thüringer Symphoniker Saalfeld-Rudolstadt und die Vogtland-Philharmonie.

Erfolgreich arbeitet er mit Ensembles der Alten Musik wie der Akademie für Alte Musik Berlin, dem Concert Royal Köln oder dem Würzburger Barockorchester.

Von 1999 bis 2005 war er Dirigent des Orchesters Pizzicato. Weiter gründete er die Mainphilharmonie Würzburg, mit der er außergewöhnliche Projekte des Monteverdichors verwirklicht und anspruchsvolle Oratorienwerke zur Aufführung bringt.